--- title: BioJava:CookBookItaliano permalink: wiki/BioJava%3ACookBookItaliano --- BioJava In Anger-Un tutorial e una raccolta di esempi per coloro che hanno "fretta" ----------------------------------------------------------------------------------- Apparentemente il progetto BioJava può sembrare enorme e difficile da comprendere. Per tutti coloro che necessitano di usare subito gli strumenti forniti da Biojava, possono trovare tutto ciò di cui hanno bisogno per iniziare... e anche qualcosa di più. Questo documento è stato creato per favorire lo sviluppo di software con i programmi forniti dal FrameWork BioJava; i quali eseguono il 99% dei task più comuni senza l'obbligo di conoscere e comprendere il 99% delle API di BioJava. Queste pagine nascono da vari cookbooks relativi ad altri linguaggi di programmazione e seguono un approccio del tipo: "Come posso....?". Ogni domanda è collegata a delle parti di codice che fanno ciò di cui uno ha bisogno e anche qualcosa di più. In pratica basta trovare il codice desiderato, copiarlo, incollarlo all'interno del proprio programma e quindi ottenere poi i risultati desiderati in breve tempo. Oltre che documentazione mi sono sforzato di rendere chiaro il codice e tanto da farlo sembrare ovvio e in alcuni casi quasi superfluo. Per suggerimenti, domande o commeti scrivere a [biojava mailing list](mailto:biojava-l@biojava.org). Per Iscriversi alla mailing seguire questo link [qui](http://biojava.org/mailman/listinfo/biojava-l) Nel caso si riutilizzi il code di questo cookbook perfavore si citi: Avvisi ------ E' possibile leggere BioJava in Anger in [Francese](/wiki/BioJava:CookbookFrench "wikilink") (Tradotto da Sylvain Foisy; ultimo aggiornamento : 9 Luglio 2009). E' possibile leggere BioJava in Anger in [Portoghese](/wiki/BioJava:CookbookPortuguese "wikilink") (Tradotto da Dickson Guedes) E' possibile leggere BioJava in Anger in [Giapponese](http://www.geocities.jp/bio_portal/bj_in_anger_ja/) (Tradotto da Takeshi Sasayama e Kentaro Sugino, ultimo aggiornamento 14 Aug 2004). E' possibile leggere BioJava in Anger in [Cinese](http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/documents/PUMA/biojava/index-cn.html) (Tradotto da Xin). E' possibile leggere BioJava in Anger in [Italiano](/wiki/BioJava:CookBookItaliano "wikilink") (Tradotto da Alessandro Cipriani; ultimo aggiornamento: 09 Maggio 2010). Come posso....? --------------- ### Per Iniziare - [Come posso ottenere Java](http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp)? - [Come posso ottenere e installare BioJava](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:GetStarted "wikilink")? ### Alfabeti e Simboli - [Come posso ottenere l'alfabeto del DNA, dell'RNA o Proteico](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Alphabets "wikilink")? - [Come posso creare un Alfabeto personalizzato con Simboli personalizzati](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Alphabets:Custom "wikilink")? - [Come posso creare un CrossProductAlphabet? (ad esempio un alfabeto di codoni)](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Alphabets:CrossProduct "wikilink")? - [Come posso dividere i Simboli di un CrossProductAlphabets i maniera tale da recuperare i Simboli che li compongo](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Alphabets:Component "wikilink")? - [Come posso stabilire l'identità fra Simboli e Alfabeti](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Alphabets:Canonical "wikilink")? - [Come posso costruire simboli ambigui come Y o R](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Alphabets:Ambiguous "wikilink")? ### Manipolazioni Elementari di Sequenze - [Come posso creare un oggetto Stringa a partire da una Sequenza e viceversa creare un oggetto Sequenza a partire da una Stringa](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Sequence "wikilink")? - [Come posso ottenere una parte di una Sequenza](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Sequence:SubSequence "wikilink")? - [Come posso trascrivere una Sequenze di DNA in una Sequenza di RNA](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Transcribe "wikilink")? - [Come posso fare il complemento inverso di una sequenza o di una SymbolList](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Reverse "wikilink")? - [Come posso cambiare il nome ad una Sequenza visto che è immutabile](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Sequence:ChangeName "wikilink")? - [Come posso modificare una Sequence o una SymbolList](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Edit "wikilink")? - [Come posso trasformare un motivo di interesse biologico in una espressione regolare](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Regex "wikilink")? - [Come posso estrarre tutte le regioni che rappresentano caratteristiche speciali (ad esempio 'geni' or 'sequenze codificanti')](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Sequence:ExtractGeneRegions "wikilink")? ### Traduzioni - [Come posso tradurre una Sequence o una SymbolList di DNA o RNA in una Proteina](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Translation "wikilink")? - [Come posso tradurre un singolo codone in un singolo aminoacido](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Translation:Single "wikilink")? - [Come posso utilizzare una tavola di traduzione non standard](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Translation:NonStandart "wikilink")? - [Come posso tradure una sequenza di nucleotidi secondo tutti i sei frame](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Translation:SixFrames "wikilink")? - [Come è possibile ottenere una traduzione con codice a una lettera di una sequenza che contiene ambiguità](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Translation:OneLetterAmbi "wikilink")? ### Proteomica - [Come posso calcolare la massa e il pI di un aminoacido](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Proteomics "wikilink")? - [Come posso analizzare le proprietà dei vari simboli di una sequenza peptidica utilizzano Amino Acid Index DataBase](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Proteomics:AAindex "wikilink")? ### Sequenze I/O - [Come posso scrivere le sequeze in formato FASTA](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:SeqIO:WriteInFasta "wikilink")? - [ Come posso leggere un file in formato FASTA](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:SeqIO:ReadFasta "wikilink")? - [Come posso leggere un file in formato GenBank/EMBL/UniProt/FASTA/INSDseq](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:SeqIO:ReadGES "wikilink")? - [Come posso leggere una sequenza GenBank/EMBL/UniProt/FASTA/INSDseq e convertirla nel formato FASTA](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:SeqIO:GBtoFasta "wikilink")? - [How do I turn an ABI sequence trace into a BioJava Sequence](/wiki/BioJava:Cookbook:SeqIO:ABItoSequence "wikilink")? - [How does sequence I/O work in BioJava](/wiki/BioJava:Cookbook:SeqIO:Echo "wikilink")? ### Annotazioni - [Come posso elencare le Annotazioni di una Sequenza](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Annotations:List "wikilink")? - [Come posso estrarre le Annotazioni per un insieme di Features](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Annotations:List2 "wikilink")? - [Come posso filtrare le sequenze in base alle specie o secondo altre proprietà](/wiki/BioJava:CookBookItaliano:Annotations:Filter "wikilink")? ### Locations and Features - [How do I specify a PointLocation](/wiki/BioJava:Cookbook:Locations:Point "wikilink")? - [How do I specify a RangeLocation](/wiki/BioJava:Cookbook:Locations:Range "wikilink")? - [How do CircularLocations work](/wiki/BioJava:Cookbook:Locations:Circular "wikilink")? - [How can I make a Feature](/wiki/BioJava:Cookbook:Locations:Feature "wikilink")? - [How can I filter Features by type](/wiki/BioJava:Cookbook:Locations:Filter "wikilink")? - [How can I remove features](/wiki/BioJava:Cookbook:Locations:Remove "wikilink")? ### BLAST and FASTA - [How do I set up a BLAST parser](/wiki/BioJava:CookBook:Blast:Parser "wikilink")? - [How do I set up a FASTA parser](/wiki/BioJava:CookBook:Fasta:Parser "wikilink")? - [How do I extract information from parsed results](/wiki/BioJava:CookBook:Blast:Extract "wikilink")? - [How do I parse a large file; Or, How do I make a custom SearchContentHandler](/wiki/BioJava:CookBook:Blast:Echo "wikilink")? - [How do I convert an XML BLAST result into HTML page](/wiki/BioJava:CookBook:Blast:XML "wikilink")? ### Counts and Distributions - [How do I count the residues in a Sequence](/wiki/BioJava:CookBook:Count:Residues "wikilink")? - [How do I calculate the frequency of a Symbol in a Sequence](/wiki/BioJava:CookBook:Count:Frequency "wikilink")? - [How can I turn a Count into a Distribution](/wiki/BioJava:CookBook:Count:ToDistrib "wikilink")? - [How can I generate a random sequence from a Distribution](/wiki/BioJava:CookBook:Distribution:RandomSeqs "wikilink")? - [How can I find the amount of information or entropy in a Distribution](/wiki/BioJava:CookBook:Distribution:Entropy "wikilink")? - [What is an easy way to tell if two Distributions have equal weights](/wiki/BioJava:CookBook:Distribution:Emission "wikilink")? - [How can I make an OrderNDistribution over a custom Alphabet](/wiki/BioJava:CookBook:Distribution:Custom "wikilink")? - [How can I write a Distribution as XML](/wiki/BioJava:CookBook:Distribution:XML "wikilink")? - [Using Distributions to make a Gibbs sampler](/wiki/BioJava:CookBook:Distribution:Gibbs "wikilink") - [Using Distributions to make a naive Bayes classifier](/wiki/BioJava:CookBook:Distribution:Bayes "wikilink") - [How do I calculate the composition of a Sequence or collection of Sequences?](/wiki/BioJava:CookBook:Distribution:Composition "wikilink") This example uses JDK 1.5 and BioJavaX ### Matrici Pesate e Programmazione Dinamica - [Come posso utilizzare una matrice di pesi per cercare un motivo](/wiki/BioJava:CookBook:DP:WeightMatrix "wikilink")? - [How do I make a HMMER like profile HMM](/wiki/BioJava:CookBook:DP:HMM "wikilink")? - |How do I set up a custom HMM? (Link to Tutorial?? --[Guedes](User:Guedes "wikilink") 11:43, 8 February 2006 (EST) ) - [How do I generate a pair-wise alignment with a Hidden Markov Model](/wiki/BioJava:CookBook:DP:PairWise "wikilink")? - [Come posso generare un allineamento globale o locale, rispettivamente, con gli algoritmi di Needleman-Wunsch o di Smith-Waterman](/wiki/BioJava:CookbookItaliano:DP:PairWise2 "wikilink")? ### User Interfaces - [How can I visualize Annotations and Features as a tree](/wiki/BioJava:CookBook:Interfaces:ViewAsTree "wikilink")? - [How can I display a Sequence in a GUI](/wiki/BioJava:CookBook:Interfaces:ViewInGUI "wikilink")? - [How can I create a RichSequence viewer](/wiki/BioJava:CookBook:Interfaces:ViewInGUI2 "wikilink")? - [How do I display Sequence coordinates](/wiki/BioJava:CookBook:Interfaces:Coordinates "wikilink")? - [How can I display features](/wiki/BioJava:CookBook:Interfaces:Features "wikilink")? - [How can I display Protein Features / a Peptide Digest](/wiki/BioJava:CookBook:Interfaces:ProteinPeptideFeatures "wikilink")? ### BioSQL and Sequence Databases - [How do I set up BioSQL with PostgreSQL?](/wiki/BioJava:CookBook:BioSQL:SetupPostGre "wikilink") (by [David Huen](User:David "wikilink")) - [How do I set up BioSQL with Oracle?](/wiki/BioJava:CookBook:BioSQL:SetupOracle "wikilink") (by [Richard Holland](User:Richard "wikilink")) - [How do I add, view and remove Sequence Objects from a BioSQL DB?](/wiki/BioJava:CookBook:BioSQL:Manage "wikilink") - [How can I get a sequence straight from NCBI?](/wiki/BioJava:CookBook:ExternalSources:NCBIFetch "wikilink") ### External Applications and Services - [How can I use QBlast to do my alignments remotely](/wiki/BioJava:CookBook:Services:Qblast "wikilink")? ### Genetic Algorithms - [How can I make a Genetic Algorithm with BioJava](/wiki/BioJava:CookBook:GA "wikilink")? ### Protein Structure - [How can I read a PDB file?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:read "wikilink") - [How can I read a .mmcif file?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:mmcif "wikilink") - [How can I access the atoms in a structure?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:atoms "wikilink") - [How can I do calculations on atoms?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:atomsCalc "wikilink") - [How to work with Groups (AminoAcid, Nucleotide, Hetatom)?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:groups "wikilink") - [How can I access the header information of a PDB file?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:header "wikilink") - [How does BioJava deal with SEQRES and ATOM groups?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:seqres "wikilink") - [How can I mutate a residue?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:mutate "wikilink") - [How can I calculate a structure alignment?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:align "wikilink") - [How can I use a simple GUI to calculate an alignment?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:alignGUI "wikilink") - [How can I interact with Jmol?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:Jmol "wikilink") - [How can I serialize to a database?](/wiki/BioJava:CookBook:PDB:hibernate "wikilink") ### Ontologies - [How can I parse an OBO file?](/wiki/BioJava:CookBook:OBO:parse "wikilink") - [How can I visualize an OBO file as a directed acyclic graph?](/wiki/BioJava:CookBook:OBO:visualize "wikilink")