| title | BioJava:CookBookItaliano:Sequence:ChangeName |
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| permalink | wiki/BioJava%3ACookBookItaliano%3ASequence%3AChangeName |
La maggior parte degli oggetti BioJava Sequence sono immutabili. Questa caratteristica da una grande sicurezza nel prevenire cambiamenti o anomalie che possono causare la corruzione dei dati. Una conseguenza di ciò è che non esiste alcun metodo del tipo setName() all'interno della classe Sequence. Una maniera per poter cambiare la "vista" di una Sequence è quella di creare una ViewSequence utilizzando la Sequence originale come argomento del costruttore. In sostanza invece di utilizzare una sequenza con nome 'foo', creiamo una ViewSequence con nome 'bar' passandogli nel costruttore la sequenza di nome 'foo'. Durante l'esecuzione del programma useremo la ViewSequence 'bar' (al posto della sequenza 'foo') che agirà come wrapper redirigendo tutte le chiamate verso la sequenza originale. Con un unico vantaggio: la ViewSequence può essere chiamata come vogliamo.
Il codice sequente mostra quanto detto sopra:
import org.biojava.bio.seq.\*; import org.biojava.bio.seq.io.\*; import
org.biojava.bio.symbol.\*;
public class NameChange {
` public static void main(String[] args) {`
` try {`
` Sequence seq =`
` DNATools.createDNASequence("atgcgctaggctag","gi|12356|ABC123");`
` //creo un vista della sequenze assegnando un nome alla view`
` Sequence view = SequenceTools.view(seq, "ABC123");`
` //print to FASTA to prove the name has changed`
` SeqIOTools.writeFasta(System.out, view);`
` }`
` catch (IllegalSymbolException ex) {`
` //tried to make seq with non DNA symbol`
` ex.printStackTrace();`
` }catch (IOException ex) {`
` //couldn't print view to System out??`
` ex.printStackTrace();`
` }`
` }`
} ```